環保拋光機的操作主要目的是為了提高拋光速率，這樣能減少在磨光過程中產生的損傷層。如果速率很高的話，還能使拋光損傷層不會造成假組織，不會影響最終觀察到的材料組織。如果是使用較粗的磨料，可以起到去除磨光損傷層的效果，但是也有負面影響，就是會加深拋光時產生的損傷層。如果是用比較細的磨料，則可以很大程度的降低拋光時產生的損傷層，但是拋光的速度也會跟著降低。解決這個問題的主要方法就是在拋光的時候分階段進行，可先進行粗拋光，磨掉損傷層，然后再進行細拋光，用來去除拋光損傷層。這樣不緊加快了速度，還起到了減少損傷的效果。

環保拋光機使用方法比較簡單，整個拋光過程都是自動化。操作人員可將需要拋光的材料放到夾具上，之后將其固定到拋光機的工作臺上，然后就可以啟動拋光機了，在完成拋光之后機器會自動停止，這時只需要將材料卸下來即可。

這里需要注意的是在進行拋光之前，需要調整拋光頭與工作臺的距離，以提高拋光的效果。在拋光的過程中可以用手工，這樣可以降低拋光的成本。